Фамилия Маликовская образована по продуктивной для украинской, польской и белорусской ономастики модели: основа плюс суффикс -ск(ая). Этот суффикс чаще всего указывал на принадлежность к местности — селу, усадьбе или владению. В отличие от простых патронимических фамилий на -ов/-ин, фамилии на -ский первоначально получали шляхта и дворянство, но позже распространились и среди других сословий, особенно в западных регионах Российской империи.

Корень фамилии — Малик. Здесь возможны два основных объяснения. Первое: от имени Малик — это арабское имя, означающее «царь, владыка», которое могло попасть в славянскую среду через тюркское посредничество. Второе, более вероятное для славянского контекста: от прозвища Малик, которое давали человеку маленького роста (от древнерусского «малъ» — «малый»). В украинском и белорусском языках слово «малик» могло означать «малыш, ребенок». Встречается и значение «малек» (рыбка), но оно менее распространено как основа прозвища.

Таким образом, Маликовская — это вариант фамилии Маликовский, адаптированный под женский род. Первым носителем фамилии мог быть человек по прозвищу Малик, который владел землей или жил в населенном пункте с названием Маликово или Малики. Такие топонимы встречаются в Беларуси, на Украине и в западных областях России (например, село Малики в Хмельницкой области). Фамилия указывает на то, что предки происходили из этих мест, либо были записаны приходским священником по названию деревни.

Встречаются и однокоренные фамилии: Маликов, Малик, Маликовский. Форма на -ская характерна для женщин, но в исторических документах могла писаться и за мужчину, если он был записан в польской или украинской традиции (например, пан Маликовский). В современной России фамилия Маликовская встречается нечасто, преимущественно в регионах, граничащих с Украиной и Беларусью, а также среди потомков переселенцев из этих земель.