Фамилия Маликин образована от женского имени Малика. Это имя пришло к евреям из арабского языка и в переводе означает «принцесса». В свою очередь, Малика произошла от мужского имени Малик — «повелитель, владыка», которое изначально использовалось как арабский монархический титул. Строение фамилии простое: к основе Малик- добавлен русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Маликин, то есть сын или потомок Малики). Такая модель характерна для фамилий, образованных от женских прозвищ или имен, — их в русском ономастиконе немного, и почти всегда за ними стоит конкретная семейная история: мать-вдова, воспитывавшая детей, или женщина, пользовавшаяся особым уважением в общине.

Встречается фамилия в основном в среде еврейских общин, где имя Малика было распространено. Стоит различать её с похожей, но более частой фамилией Маликов — та образована от мужского имени Малик, и её носителей значительно больше. Если Маликовы встречаются и у тюркских народов, и у кавказских, то Маликины — фамилия почти исключительно еврейского происхождения, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска.

Процесс формирования фамилий у еврейского населения Российской империи завершился в основном в XIX веке, поэтому фамилия Маликин — не древняя, а относительно поздняя, фиксированная в метрических книгах и ревизских сказках. Окончательно говорить о точном месте и времени её возникновения можно лишь на основании конкретных генеалогических исследований, но уже сейчас ясно: фамилия представляет собой замечательный памятник европейской письменности и культуры, соединивший арабский корень, еврейскую традицию именования и русскую словообразовательную модель.