Фамилия Малфыгины происходит от просторечной формы старинного церковного имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник мой», а на русской почве имя обросло множеством бытовых вариантов: Малафей, Малофей (в «окающих» говорах) и, наконец, Малфыга. Именно эта последняя, самая краткая форма и легла в основу фамилии.

Мирское имя Малфыга — типичный пример того, как книжное имя перерабатывалось народной речью. Суффикс «-ыга» придавал имени оттенок просторечия и даже некоторой фамильярности, что было обычным делом в среде крестьян и посадских людей. Такие формы часто становились прозвищами, а затем закреплялись в качестве фамилий.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Малфыг- добавился притяжательный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность «сын Малфыги». То есть Малфыгин — это буквально «чей?» — Малфыгин, то есть потомок человека по имени Малфыга.

Стоит заметить, что фамилия эта редкая и географически привязана в основном к северным и центральным регионам России, где «окающий» говор давал такие варианты, как Малофей. В южных и западных областях чаще встречались формы от «акающего» произношения — Малафей и производные от него.

Точную дату и место возникновения фамилии Малфыгин сейчас определить сложно: процесс закрепления фамилий у крестьян растянулся на несколько столетий и завершился в основной массе лишь к XIX веку. Однако сама словообразовательная модель и корень-основа позволяют уверенно отнести эту фамилию к древнему пласту русских именований, уходящему корнями в эпоху до церковной реформы.