Фамилия Малгалян — армянская по происхождению, что сразу видно по её строению. Типичный армянский суффикс -ян (в древнем варианте -янц) означает принадлежность к роду, происхождение от предка. Дословно Малгалян — «из рода Малгала» или «потомок Малгала». Вопрос в том, что скрывается за основой Малгал-.

Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование. Первая связывает основу с армянским словом մաղ (маг) — «сито» или «решето». В диалектах и в словообразовании часто встречается форма маггал (մաղղալ) — человек, который делает сита, либо тот, кто просеивает зерно. Тогда Малгалян — фамилия, данная ремесленнику: ситовщику, мастеру по плетению сит, или, в переносном смысле, человеку, отвечающему за очистку зерна на мельнице или в хозяйстве. Такие «ремесленные» фамилии в Армении очень распространены: Овсепян (ювелир), Чалабян (корзинщик) — и Малгалян встаёт в этот же ряд.

Вторая версия выводит фамилию от тюркского корня мал («скот», «имущество») с добавлением армянского уменьшительно-ласкательного или определительного суффикса -гал. В тюркских языках «мал» — это и скот, и богатство, и товар. В армянской среде, испытавшей многовековое влияние тюркских наречий, слово могло закрепиться как прозвище: Малгал — владелец скота, зажиточный хозяин, торговец скотом. Эта версия менее прозрачна лингвистически (сочетание тюркского корня и армянского суффикса встречается, но не часто), однако географически объяснима: фамилия могла возникнуть в регионах с сильным тюрко-армянским двуязычием.

Фамилия Малгалян не относится к числу самых массовых, но встречается у армян как из Западной Армении (исторические области Васпуракан, Харберд), так и из восточных регионов. В русском языке она пишется через а в первом слоге, хотя в оригинале возможны колебания: Малгалян или Маггалян. Встречается также вариант Малгалянц — более старая форма, сохранившая окончание родительного падежа множественного числа.

Кем были предки носителя этой фамилии — скорее всего, людьми, связанными с обработкой зерна или с торговлей. Но в любом случае основа фамилии указывает на конкретное занятие или имущественное положение, а не на отвлечённый признак.