Фамилия Малибаш — редкая и неочевидная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно отвлечься от привычных славянских моделей и обратить внимание на тюркские языки. Основа фамилии — «мали» и «баш». «Мали» в тюркских языках (от арабского через персидский) означает «имущество, богатство, скот», а «баш» — «голова, глава, начальник». Таким образом, исходное прозвище Малибаш — «голова богатства», то есть человек, ведающий казной, имуществом, или же просто состоятельный, зажиточный хозяин. Встречается и другая трактовка, где «мали» связывают с арабским именем Малик (царь, владыка), и тогда Малибаш — «царская голова», то есть предводитель, старшина.

Фамилия явно имеет тюркское происхождение, скорее всего, из среды крымских татар, ногайцев или народов Северного Кавказа, где такие двухосновные прозвища были распространены. В русскую фамильную систему она попала, вероятно, при унификации именований в XIX — начале XX века, когда потомки носителей прозвища получили фамилию без изменений, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Именно отсутствие суффикса — характерная черта: фамилия застыла в форме чистого прозвища, что указывает на сравнительно позднее оформление и возможное неправославное происхождение предков.

Встречается фамилия и в варианте Малибашов, где уже появился русский суффикс принадлежности. Географически Малибаши чаще всего фиксируются в Крыму, в Краснодарском крае и в среде татарской диаспоры. По социальному положению предки могли быть зажиточными крестьянами, мелкими торговцами или сельскими старшинами — прозвище не унизительное, а скорее уважительное, указывающее на статус.