Фамилия Малибашева — женская форма мужской фамилии Малибашев, а та, в свою очередь, происходит от прозвища или имени Малибаш. Разберём основу: в ней отчётливо слышны два тюркских компонента. Первый — «мали» или «малы», что в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) означает «скот», «имущество», «богатство». Второй — «баш» — переводится как «голова», «главный», «вершина». Сложносоставное имя Малибаш, таким образом, могло значить «главный над скотом», «богатый глава» или даже «дорогая голова» (в значении «ценный человек»). В доисламской и раннемусульманской среде такие имена-пожелания были распространены: родители наделяли ребёнка именем, которое должно было привлечь удачу и достаток.

Модель образования фамилии стандартна для русского языка, но указывает на не совсем обычную историю. Суффикс -ев присоединён к основе, оканчивающейся на шипящий (баш → башев). Это типичная русификация тюркских фамилий в Поволжье, Приуралье и Сибири, где русские писцы и чиновники адаптировали местные имена под привычную форму. Фамилия Малибашев не относится к числу дворянских или старых московских — она, скорее всего, поздняя, крестьянская или мещанская, возникшая в XIX веке, когда у татар, башкир и других народов империи массово закреплялись фамилии.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир. Наиболее вероятные зоны бытования — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла записываться по-разному: Малибашев, Малыбашев, Малибашов — из-за неустойчивости гласных в тюркских заимствованиях и небрежности писарей. Вариант с «ы» (Малыбашев) даже этимологически точнее, так как «малы» — исходная форма слова «скот» в некоторых диалектах.

Версия о происхождении от географического названия (например, от деревни Малибаш) менее вероятна, но не исключена. Если такой топоним существовал, то фамилия могла перейти на крестьян, переселившихся из этой местности. Однако в известных справочниках по топонимике Поволжья такой пункт не фиксируется, поэтому прозвищное происхождение — основное.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Маликов, Малышев, Башаев — показывает, что в каждом случае компонент «мал» или «баш» давал разные смыслы. Малибашева стоит особняком: это не «сын Малика» и не «сын Малыша», а именно двусоставное прозвище, которое в быту могло относиться к зажиточному хозяину или человеку с крупной головой — в прямом или переносном смысле.