Фамилия Малиненков — характерный пример того, как украинская по происхождению фамилия адаптировалась на русской почве. Её основа — прозвище Малина, которое восходит к названию всем известной ягоды. До крещения Руси давать ребёнку прозвище от названия растения было распространённой традицией: считалось, что природа будет воспринимать такого человека как своего, и к нему перейдут полезные свойства растения. Впрочем, вероятно и другое — что Малиной ласково называли ребёнка в семье, и это было просто домашнее имя.

Словообразовательная модель фамилии необычна. Суффикс -енк- типичен для украинских фамилий (он означает «маленький» или «потомок»), а вот наращение -ов — уже русское. Скорее всего, род Малиненко (с украинским окончанием) переехал в Россию, где фамилию русифицировали, добавив суффикс -ов. Так и возникла форма Малиненков, которая встречается значительно реже, чем просто Малинин или Малинкин.

В Книге памяти Смоленской области есть запись о колхознике Малиненкове Фёдоре Никаноровиче, родившемся в 1890 году в деревне Хохловка Екимовичского района. Эта запись — одно из немногих документальных подтверждений бытования фамилии в центральной России. Судя по ней, носители фамилии были крестьянами, и корни семьи уходят в смоленские земли.

Интересно, что, в отличие от более частых «ягодных» фамилий (Малинин, Малинкин), Малиненков сохраняет в своей основе именно уменьшительно-ласкательный украинский формант. Это делает фамилию маркером миграции: предки носителя, вероятно, вышли с территории современной Украины или юга России, а затем осели в Смоленской губернии.