Фамилия Малишаускас — литовская, и это уже многое о ней говорит. Она образована по типичной для литовской антропонимии модели с суффиксом -auskas (на письме -auskas). В русской традиции такие фамилии нередко записывали на польский манер с окончанием -ский, но исходная форма — именно литовская, с характерным «аускас».

Основа фамилии — имя или прозвище Малиша (Mališa). Это уменьшительная форма от мужского имени Малис (Malis) или от корня mal- (малый, маленький). В литовском языке malas, malus означает «милый», «приятный», но чаще всего Малиша — это производное от Maldis, Malginas или других древних литовских двухосновных имён, где вторая часть была сокращена. Таким образом, фамилия Малишаускас буквально значит «потомок Малиши», «сын Малиши».

Суффикс -auskas в литовских фамилиях выполнял ту же роль, что русский -ов или -ин: указывал на принадлежность роду. В XVI–XVIII веках, когда у литовских крестьян и мелкой шляхты закреплялись фамилии, модель на -auskas была одной из самых распространённых в Жемайтии и Аукштайтии. Позже, после разделов Речи Посполитой и вхождения литовских земель в состав Российской империи, многие такие фамилии русифицировались: Малишаускас мог стать Малишевским или даже Малишевым. Однако исходный вариант сохранился у тех семей, которые остались на территории современной Литвы или эмигрировали.

Географически фамилия Малишаускас чаще всего встречается в северо-западной и центральной Литве — в Шяуляйском, Паневежском и Каунасском уездах. Это не шляхетская, а крестьянская или мещанская фамилия, что типично для суффикса -auskas: в отличие от польских фамилий на -ский, которые часто носили дворяне, литовские «аускасы» указывали на простых земледельцев или ремесленников.

Однокоренные фамилии в Литве — Малишавичюс, Малишявичюс, а также более редкий вариант Малишкевичус. Все они восходят к тому же корню mal- и указывают на маленького, младшего или миловидного предка. В русском языке аналогом по смыслу будет фамилия Малышев или Малюткин.