Фамилия Малкарова происходит от прозвища Малкар, которое напрямую указывает на национальность — балкарец. В основе лежит древнее самоназвание балкарского народа «малкар». Со временем начальный звук «м» в этнониме сменился на «б», что является распространённым чередованием в тюркских языках, но фамилия сохранила архаичную форму. Балкарцы — коренной народ Кабардино-Балкарии, исторически населяющий горные ущелья в верховьях рек Черек-Балкарский, Черек-Безенгиевский, Чегем, Баксан и Малка. Вероятно, прозвище Малкар дали человеку, который переселился из этих мест в другую область, и за ним закрепилось указание на его происхождение. Поскольку фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, её носители — потомки того самого Малкара. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс русификации фамилий на Кавказе происходил в XIX–XX веках, и в каждом конкретном случае нужны отдельные генеалогические изыскания.