Фамилия Малкерова — женская форма от Малкеров, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или имени Малкер. Чтобы понять её корни, нужно разобрать основу «Малкер». Она не вписывается в стандартные славянские модели прозвищ (от внешности, занятия или характера), а скорее указывает на иноязычное происхождение — тюркское или иранское.

Самый вероятный вариант: фамилия восходит к тюркскому слову «малкер» (или «малкяр») — «пастух», «скотовод», «тот, кто разводит скот». В тюркских языках «мал» — скот, а «кер» или «кяр» — суффикс деятеля. Таким образом, родоначальник Малкеровых мог быть не просто крестьянином, а зажиточным владельцем стад, либо же прозвище закрепилось за человеком, чья жизнь была связана с перегоном и пастьбой. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия редкая и географически тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ.

Менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с иранскими языками, где «мал» означает «дом» или «имущество» (ср. осетинское «мал» — «имущество», «скот»). Тогда «малкер» — «хранитель дома» или «управитель хозяйства». Однако тюркская версия выглядит более прямой и распространённой.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён. Он указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Малкера». Встречается и вариант с ударением на второй слог (Малке́рова), что может говорить о южнорусском или украинском влиянии на произношение.

В дореволюционных переписях фамилия почти не фиксировалась — это говорит о её поздней письменной фиксации, возможно, уже в XX веке. Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, но в современных базах данных она встречается в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии и в городах Центральной России — что хорошо ложится на версию о тюркском происхождении с последующей русификацией.