Фамилия Малкершина — редкий случай, когда суффикс указывает на женскую линию, а основа отсылает к географическому названию. В русской традиции фамилии на -ин/-ын обычно образовывались от основ на -а/-я: Малкершин — «чей?» — сын Малкерши. Малкершина — это «жена или дочь Малкершина», но в современном бытовании это просто вариант фамилии, закрепившийся за женщинами.

Корень здесь — Малкерш. Скорее всего, это не славянское прозвище, а искажённое или адаптированное на русской почве западное название. Вероятнее всего, основа восходит к топониму Малькерш (Malchersh или Malchersch) — так могли называть выходца из местности с похожим названием в Германии или Польше. В немецких землях встречаются фамилии Malcher, Malchert, а суффикс -ерш (-ersch) характерен для силезского или прусского диалекта. Переселенцы, попав в Россию, могли получить прозвище по месту выхода: «Малкерш» — «тот, кто из Малькерша», а их дети и внуки стали Малкершиными.

Менее вероятная версия — связь с личным именем Малх (от древнееврейского «царь») через польское Malcher, но тогда фамилия скорее звучала бы как Малхерович или Малхерский. Форма Малкершина с суффиксом -ин и окончанием -а указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где был силён русский патронимический тип, но основа осталась чужой.

Сословно носители фамилии могли быть мещанами или однодворцами — в XIX веке такие «чужие» основы чаще встречались у горожан или переселенцев, а не у крепостных крестьян. Поскольку фамилия редкая, её география, скорее всего, узкая: юг России, Поволжье или бывшие немецкие колонии. Точных данных о массовых носителях нет, но этимология ясна: Малкершина — это «женщина из рода Малкершиных», а родоначальник, вероятно, носил прозвище по месту, откуда приехал.