Фамилия Малкоедова — женская форма фамилии Малкоедов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Малкоед. В основе лежит прозвище, которое, скорее всего, относилось к человеку по роду занятий или по привычке. Разбираем состав: корень «Малк-» и компонент «-ед-». «Малк» — это диалектное или просторечное обозначение молока, особенно кислого, или сырной массы (от слова «малька» — творог, сыворотка в ряде русских говоров). «Ед» от глагола «есть» — тот, кто ест. Таким образом, Малкоед — буквально «молокоед», то есть человек, который питается молочными продуктами, либо, что более вероятно, прозвище любителя молока или человека, чья работа была связана с молочным хозяйством.

Не стоит путать с фамилией Малокоедов, где корень иной. В случае с Малкоедовым суффикс «-ов» указывает на принадлежность: сын Малкоеда. Фамилия довольно редкая и, судя по географическому распространению, встречается преимущественно в южнорусских и центральных областях — в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях, где традиционно было развито молочное скотоводство. В этих местах «малькой» называли не только творог, но и простоквашу, и даже осадок от топлёного масла.

Версия о происхождении от тюркского «мал» (скот) и «код» (рука) маловероятна: фамилия явно славянская по модели образования, а суффикс «-ед» — чисто русский, характерный для прозвищ едоков (сравните: Хлебоед, Мясоед, Сыроед). Поэтому первая версия — основная. В старых документах фамилия могла писаться через «о»: Молкоеды — это указывало бы на более архаичное произношение «молоко», но форма «Малкоед» прижилась в говорах с аканьем. Социальный состав носителей, скорее всего, крестьянский или однодворческий: прозвище давали по бытовой черте, а не по знатному роду.