Фамилия Малковские — это вариант фамилии Малковский, и её происхождение связано с древним славянским именем-прозвищем Малко. В основе лежит корень «мал-», то есть «маленький». На Руси так часто называли младшего ребёнка в семье — Мальцом, Малышом, Малютой или Малко. Это мирское имя могло закрепиться за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал, и позже перешло к его детям в виде фамилии.

Суффикс -ский (в форме множественного числа -ские) указывает на то, что фамилия образовалась по польской или западнорусской модели. Такие фамилии были распространены среди шляхты и духовенства, но со временем стали бытовать и среди крестьянства, особенно на землях современной Украины, Беларуси и восточной Польши. Малковские — это люди, принадлежавшие к роду того самого Малко.

Есть и вторая версия: прозвище Малко могли дать взрослому человеку за его невысокий рост. В таком случае фамилия указывает не на возраст, а на внешность. Обе гипотезы правдоподобны, но первая — с семейным именованием младшего сына — встречается в ономастике чаще.

Форма Малковские (а не Малковский) характерна для фамилий, которые бытовали в сёлах, где одна фамилия охватывала целую династию или ветвь рода. Это типично для восточнославянской традиции: в документах писали «Малковские», имея в виду «семья Малковских». Сейчас такая форма чаще всего встречается у потомков выходцев из западных губерний Российской империи.