Фамилия Малоиван — редкий случай, когда прозвище сохранилось в почти неизменном виде и не обросло стандартными фамильными суффиксами. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые обычно превращают прозвище в фамилию. Перед нами, скорее всего, «застывшая» форма именования, которая так и закрепилась за родом.

Основа фамилии — составное прозвище Малоиван. Первая часть «мало-» в таких прозвищах указывала на возраст, рост или положение в семье: Малой, Малыш, Малец. Вторая часть — каноническое имя Иван. Всё вместе, скорее всего, означало «младший Иван», «Иван-младшенький» или «маленький Иван». Так могли назвать сына в семье, где уже был старший Иван, или просто ребёнка, которого в детстве дразнили по росту, но имя приросло на всю жизнь.

Словообразовательная модель здесь архаичная. В древнерусской традиции прозвища, состоящие из прилагательного и имени, нередко становились неофициальными фамилиями без дополнительных суффиксов. Сравните: Малоросс (человек малого роста), Малобелов (редкая фамилия с суффиксом). Но Малоиван пошёл по пути «прозвище-фамилия», как, например, Безруков (без суффикса), хотя там основа другая. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться в среде, где фамилии только начинали закрепляться, — возможно, среди крестьян или посадских людей на севере или востоке России, где такие «голые» прозвища дольше держались в документах.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России. Встречается в Воронежской, Курской, Ростовской областях, а также на Украине (в форме Малойван или Малоіван). Это косвенно подтверждает, что прозвище могли дать в малороссийской или пограничной среде, где имя Иван было особенно распространено, а уменьшительные формы с «мало-» — обычное дело.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: происхождение от тюркского или кавказского корня «малой» (скот, имущество) с добавлением «иван». Но она не выдерживает критики, так как имя Иван — явно славянское, и сочетание «мало- + имя» — типичная восточнославянская модель для прозвищ, фиксируемых в актах XVI–XVII веков. Никаких документальных подтверждений тюркской версии нет.

Таким образом, предок носителя фамилии Малоиван — скорее всего, крестьянин или ремесленник, которого в семье или на селе звали «малым Иваном» в отличие от старшего тёзки. Фамилия не указывает на знатное происхождение, зато сохранила живую речевую форму, понятную и сегодня: «маленький Ваня».