Фамилия Малойван — редкий пример сращения двух слов в одну фамилию. Её основа — сочетание «малый» и «Иван», то есть буквально «младший Иван». Такое уточнение было жизненно необходимо в среде, где имя Иван в прошлом носили до четверти всех русских крестьян, а в одной семье нередко все сыновья оказывались Иванами. Приставка «малый» могла указывать на младшего ребёнка или на невысокого, худощавого человека.

Само имя Иван восходит к каноническому Иоанн, что в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Но для фамилии важнее не столько сакральный смысл, сколько бытовая необходимость различать тёзок. Модель образования — чисто русская, без суффиксов: два слова просто склеились в одно. Похожие фамилии, например, Малороссов или Малолетков, строятся по тому же принципу, но Малойван стоит особняком: здесь вторым элементом выступает не нарицательное слово, а личное имя.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине, где форма «Малий Іван» могла дать тот же результат. В документах XIX века носители Малойванов числились в основном крестьянами и мещанами — сословиями, где многодетность и повторяемость имён были нормой. Сейчас фамилия остаётся довольно редкой, но её прозрачная внутренняя форма до сих пор позволяет восстановить историю предков без специальных разысканий.