Фамилия Малоштанова женская, её мужской вариант — Малоштанов. В основе лежит прозвище, и его значение почти прозрачно: «малый» + «штан» (устаревшее «штаны»). Человек, которого так окрестили, скорее всего, носил короткие или узкие штаны, либо был низкорослым, и прозвище закрепилось за ним в насмешку или для отличия от других. В крестьянской среде, где одежда была простой и практичной, любая деталь вроде не по размеру портов могла стать приметой.

Слово «штан» — форма множественного числа от «штаны», бытовавшая в южнорусских и украинских говорах. Фамилии с корнем «штан» встречаются в тех же регионах: Малоштанов, Кривоштанов (от «кривые штаны»), Красноштанов. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ. Интересно, что в некоторых случаях «штан» могло быть искажением тюркского слова, например, «штан» — «труба» или «рукав», но для фамилии Малоштанова эта версия выглядит натянутой: прозвище по одежде куда логичнее.

Географически фамилия встречается в Ростовской, Волгоградской областях, Краснодарском крае — то есть в зоне исторического расселения донских и кубанских казаков, где говоры сохраняли «штан» в значении «штаны». Носители фамилии могли быть казаками или крестьянами, но сословная принадлежность предков по фамилии не определяется: прозвище давали в любой среде. В документах фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно в южных губерниях.

В написании возможна путаница с фамилией Малоштанов, где «а» в корне — результат аканья (произносят «малаштан», но пишут по правилам). Вариант Малоштанова с «о» — нормативное написание, закреплённое в паспортах. Сегодня фамилия редкая, её носителей — единицы на миллион, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если человек с такой фамилией живёт на Дону или Кубани, это почти наверняка его исторический ареал.