Фамилия Малшышев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с ремеслом, а не с именем или внешностью. Основа «малшы» в русских говорах не встречается, зато хорошо известна в тюркских языках, особенно в казахском и башкирском. Слово «малшы» (мал — скот, -шы — суффикс деятеля) означает «скотовод», «пастух», «животновод». Для южнорусских и поволжских регионов, где русские столетиями жили бок о бок с тюркскими народами, такое заимствование — обычное дело.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Малшышев — сын Малшыша. Форма «Малшыша» — это русифицированное прозвище, где к тюркской основе добавили русский уменьшительный суффиш -ш- (как в «Саша» от «Александр»). То есть полная цепочка выглядит так: тюркское прозвище «Малшы» (пастух) → русское бытовое «Малшыша» (тот самый пастух, свой) → фамилия «Малшышев» (потомок того пастуха). Это не фамилия аристократа или чиновника — это крестьянский «профессиональный» именник.

Географически фамилия тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану, Челябинской области — местам, где русские переселенцы активно контактировали с башкирами и казахами. В центральных губерниях она почти не встречается. Написание с «ы» после «ш» (Малшышев, а не Малшишев) — дополнительное указание на тюркское происхождение: в русском языке после шипящих «ы» не пишут, но в тюркских заимствованиях такое допустимо (сравните «Алшыбаев» или «Кошшы»). Иногда фамилию могли записать как Малшишев, но исходный вариант именно через «ы» — он точнее передаёт звучание исходного слова.

Фамилия не попала в дворянские родословные книги, не встречается среди купеческих династий. Её носители — потомки тех, кто пас скот в степях Южного Урала и Заволжья. В советское время фамилия оставалась редкой, и сегодня её можно встретить в основном в тех же регионах, где она возникла.