Фамилия Малшева — женская форма от Малшев. Её основа — прозвище или неканоническое имя Малш. Это слово образовано от прилагательного «малый» с помощью суффикса -ш-, который в древнерусском языке придавал именам уменьшительно-ласкательный или просторечный оттенок. По той же модели появились фамилии Малкин, Малютин, Малышев, но Малшев стоит особняком: суффикс -ш- встречается реже, чем -ын- или -ют-, поэтому фамилия менее распространена.

Значение прозвища Малш — «маленький, младший по возрасту или невысокий ростом». В крестьянской среде так могли назвать младшего сына, чтобы отличать его от старших братьев, или человека невысокого роста. В документах XVI–XVII веков встречаются подобные имена: Малш, Малша, Малшко — они фиксировались в писцовых книгах на территории Новгородской и Вятской земель. Фамилия Малшев, скорее всего, закрепилась на севере или северо-востоке России, где такие прозвища были особенно живучи.

Поскольку фамилия оканчивается на -ев, а не на -ин, её основа — не краткое прилагательное, а полное имя или прозвище на согласный (Малш + ев). Это типичная патронимическая модель: «сын Малша». В отличие от Малышева, где корень «малыш», в Малшеве ударение, вероятно, падало на первый слог: Ма́лшев. Вариант с ударением на второй слог — поздний, под влиянием литературной нормы.

Сословное происхождение определить сложно: фамилия не дворянская и не купеческая, скорее всего, крестьянская или мещанская. В XIX веке Малшевы встречались в переписях Вологодской, Архангельской и Пермской губерний. Сегодня фамилия редкая, её носители живут в основном в центральной России и Поволжье.