Фамилия Мальський — одна из тех, что сразу указывает на географию. Её основа — топоним, то есть название места. Чаще всего такие фамилии получали люди, переселившиеся из какого-либо населённого пункта: Мальск, Мальское, Мальско или похожего. В Польше и на западе Украины есть несколько сёл с названием Мальсько (Małsko), а в России — деревни вроде Мальково. Суффикс -ский (-ski) типичен для польской и украинской шляхты, а также для духовенства, но в народной среде его могли носить и крестьяне, если они переезжали и получали прозвание по месту выхода.

Корень «маль-» не стоит сразу связывать с «малый» в значении «маленький». В древнерусском и западнославянских языках «маль» могло быть прозвищем человека невысокого роста, но в случае с фамилией на -ский гораздо вероятнее, что первично именно название поселения. Например, в Польше существует фамилия Malski, которая восходит к селу Mały (Малы) или Małyszyn. Для Мальського ближайшая параллель — украинская фамилия Мальський, записанная в Подолье и на Волыни, где есть село Мальські.

Есть и вторая, менее распространённая версия: фамилия могла образоваться от личного имени Маль — сокращённой формы от Мал, Малютка или даже Малфред (из германского). Но в восточнославянском именослове такие имена редки, и без документальных подтверждений эта гипотеза слабая. Намного надёжнее считать Мальського «человеком из Мальска».

Социальный состав носителей разный. В Российской империи фамилия встречалась в Волынской и Киевской губерниях среди мещан и крестьян, а также в среде польской мелкой шляхты. В советских переписях Мальських немного — фамилия осталась локальной, не разошлась широко. По написанию она устойчива: почти всегда через мягкий знак (Мальський, а не Мальский), что указывает на украинскую или польскую орфографическую традицию.