Фамилия Малсуйгенов — редкая, и её разговорный, почти диалектный облик сразу выдаёт нерусское происхождение, скорее всего, тюркское. Основа фамилии — мужское имя или прозвище, которое можно разложить на два корня: «мал» и «суйген». В тюркских языках, например, в карачаево-балкарском, ногайском или кумыкском, «мал» означает «скот» или «имущество», а «суйген» — причастие от глагола «любить» (суймек). Таким образом, Малсуйген дословно переводится как «тот, кто любит скот» или «скотолюб». Прозвище могло указывать на человека, который души не чаял в своём хозяйстве, был зажиточным скотоводом или просто заботливым хозяином.

Русский суффикс -ов присоединился к основе уже на русской почве, когда фамилию записывали в документах. Это типичная модель для фамилий, образованных от тюркских имён: к исходному слову добавляли патронимический суффикс, означающий «сын такого-то» или «принадлежащий ему». Поэтому Малсуйгенов — это буквально «сын Малсуйгена». Фамилия не получила широкого распространения за пределами тех регионов, где тюркские языки соседствовали с русским — например, на Северном Кавказе, в Поволжье или южном Урале.

Интересно, что вторая часть — «суйген» — почти не встречается в других фамилиях, что делает Малсуйгенова уникальным случаем. Обычно тюркские прозвища с «любить» строятся иначе, но здесь форма сохранила архаичный оттенок. Споров о происхождении почти нет: версия с «мал» и «суйген» — единственная правдоподобная, альтернативные (например, от калмыцкого или монгольского) не выдерживают критики, так как не дают связного смысла.

Носители фамилии — скорее всего, потомки оседлых или полукочевых скотоводов, которые в XIX–XX веках получили русские паспорта. Сословная принадлежность могла быть разной: от зажиточных крестьян до казаков, но точных данных нет. Фамилия не дворянская и не купеческая — её бытование сугубо народное, крестьянское.