Фамилия Мальтеев — редкий случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а, скорее всего, географическое прозвище. В её основе лежит слово «мальт» — так в старых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли мелкую рыбу, малька. Человек мог получить прозвище Мальтей за маленький рост, худобу или за то, что промышлял ловлей малька, то есть был рыбаком, торгующим мелкой рыбой.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Мальтеев — сын Мальтея. Это типичная патронимическая модель, но с интересным нюансом. В русских фамилиях на -еев обычно основа заканчивается на -ей или -ай (Андрей → Андреев, Тимофей → Тимофеев). Здесь основа «Мальтей» — не каноническое имя, а прозвищное, что делает фамилию более редкой и локальной.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «мал» — скот. В таком случае Мальтей мог означать «скотовод» или «богатый скотом», а суффикс -тей (сравни с Алтей, Балтей) типичен для некоторых тюркских прозвищ, адаптированных русским языком. Но первое объяснение — от малька — звучит убедительнее, потому что в русской среде прозвища от названий рыб и их стадий развития встречаются часто (Ершов, Карасёв, Окунев), а слово «мальт» исконно русское.

Географически фамилия привязана к северным и сибирским регионам России. Встречается в Архангельской, Вологодской областях, а также в Забайкалье — там, где рыболовство было одним из основных промыслов. Социально носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей, а не из дворянства — прозвища по ремеслу редко давали знатным родам.

Фамилия не имеет отношения к немецкому слову «malten» (варить пиво) или к мальтийскому ордену — это народная этимология, которая возникает из-за созвучия. На деле Мальтеев — чисто русская фамилия, образованная от бытового прозвища, и её носители могут смело связывать своё происхождение с речными просторами и рыбацким делом.