Фамилия Малюжец — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свой исходный суффикс. В её основе лежит слово «малюга» или «малюжка» — так в южных и западных русских говорах, а также в украинском и белорусском языках называли маленького, невысокого человека, либо младшего ребёнка в семье. Суффикс -ец в этой модели указывает на носителя признака: Малюжец — это «тот, кто мал», «малыш». В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев (Малюгин, Малюжкин), здесь использована архаичная бессуффиксная форма, что говорит о раннем закреплении прозвища.

Словообразовательная цепочка проста: «малый» → «малюга» (с уменьшительно-ласкательным суффиксом -уг-) → «Малюжец» (с суффиксом -ец, обозначающим лицо). Аналогичные фамилии — Малюга, Малюженко, Малюжко. Интересно, что суффикс -ец в белорусской и украинской традиции часто давал фамилии без дополнительных патронимических окончаний: например, Храбрец, Мудрец. Малюжец стоит в том же ряду.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям. В исторических документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и мещане с прозвищем Малюга в Витебской, Минской и Гродненской губерниях. Фамилия Малюжец, скорее всего, оформилась именно там, где сохранялась традиция называть человека по его самому заметному внешнему признаку — в данном случае, невысокому росту.

Версия о происхождении от имени Емельян (через форму Малюта) менее правдоподобна, так как для неё характерны суффиксы -ин или -ов: Малютин, Малютинов. Фамилия же Малюжец слишком прозрачно связана с корнем «мал-», чтобы предполагать сложный переход от канонического имени. Таким образом, предок носителя этой фамилии был, скорее всего, невысоким человеком или младшим сыном, которого в семье так и прозвали — Малюжец.