Фамилия Малыженкова — женская форма мужской фамилии Малыженков, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ов от прозвища или нецерковного имени Малыж. Основа здесь — корень «мал-», один из самых распространённых в русских фамилиях, но с редким суффиксом -ыж, что сразу выделяет её на фоне более привычных Малыхиных, Малышевых или Малютиных.

Суффикс -ыж в прозвищах встречается нечасто и обычно придаёт слову оттенок ласкательности или, наоборот, ироничного уменьшения. В говорах «малыж» могло означать «маленький человек», «коротышка», «младший в семье» или «ребёнок». В некоторых диалектах так называли невысокого, щуплого мужчину, а иногда — младшего сына, который оставался «малыжом» даже в зрелом возрасте. Таким образом, первый носитель прозвища Малыж, скорее всего, был либо невысок ростом, либо занимал младшее положение в роду.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Малыженков прошла стандартный путь: прозвище Малыж → отчество Малыжен (сын Малыжа) → фамилия Малыженов, которая в разговорной речи через «ё» (Малыжёнов) закрепилась в написании как Малыженков. Вариант с -енков вместо -ов — типичная черта южнорусских и украинских говоров, где патронимический суффикс -енко («Малыженко») переоформлялся под великорусскую модель. Поэтому географически фамилия тяготеет к югу России, особенно к Курской, Белгородской, Воронежской областям, где фамилии на -енков и -ченков особенно часты.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Малыженков — «прозвищная» фамилия, то есть её основа не церковная, а бытовая. Это значит, что предок носителя получил своё прозвище не при крещении, а в повседневной жизни — за внешность или возраст. Социальный статус первых Малыженковых, как и у большинства носителей «малых» фамилий, был крестьянским или мещанским. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже косвенно подтверждает её простонародное происхождение.

Интересная деталь: в некоторых старых переписях встречается вариант написания «Малыжонков» (с буквой «о» после шипящего), что отражает реальное произношение в ряде говоров. Современное написание через «е» — результат орфографической нормы, закрепившейся после реформы 1918 года.