Фамилия Малыженко — яркий пример того, как украинская модель фамилии сохранила древнерусское прозвище. В её основе лежит прилагательное «малыж» или «малыга». В диалектах русского и украинского языков так называли человека маленького роста, низкорослого, либо младшего в семье, «малыша». Суффикс -енко, типичный для восточной Украины, указывает на происхождение по отцу: Малыженко — буквально «сын Малыги» или «потомок Малого». Это одна из самых распространённых фамильных моделей в украинской ономастике, которую подробно описал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях».

Интересно, что фамилия Малыженко отличается от более частых Малышев, Малыхин или Мальцев именно суффиксом. Если Малышев — это «чей?» (принадлежащий Малышу), то Малыженко — «чьих будете?» (из рода Малыжей). Такая форма указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в своей общине под прозвищем Малыга, а его дети и внуки уже стали Малыженками. Скорее всего, фамилия закрепилась в среде крестьян или казаков Левобережной Украины, где прозвища по внешним признакам давали часто и охотно.

Встречается и более редкая версия: основа могла быть связана с глаголом «малыжить» (в некоторых говорах — «медлить, копаться»). Тогда прозвище Малыга получал человек нерасторопный, медлительный. Однако эта гипотеза менее убедительна: в большинстве случаев фамилии на -енко образованы от прозвищ по физическим или социальным признакам, а не по действиям. Географически фамилия Малыженко встречается рассеянно по всей Украине и югу России, без ярко выраженного «гнезда», что говорит о её древнем и бытовом происхождении — её не придумывали в канцеляриях, она родилась в живой речи.