Фамилия Малышшко — случай, когда написание сразу бросается в глаза и заставляет задуматься. Двойное «ш» в русской ономастике редкость. Чаще всего это следствие белорусской или украинской фонетики, где шипящий мог удваиваться в произношении, а потом закрепиться на письме. Но возможна и другая причина: описка в паспортном столе или сознательное искажение при переезде. Исходная форма почти наверняка — Малышко, а Малышшко — её графический вариант.

Основа фамилии прозрачна: «малыш». В славянской традиции так могли прозвать младшего ребёнка в семье, человека невысокого роста или просто того, кого в шутку называли «малы́м». Суффикс -к- здесь уменьшительно-ласкательный, а окончание -о типично для украинских и белорусских фамилий (ср. Шевченко, Коваленко). Модель образования простая: прозвище Малыш → Малышко (с суффиксом субъективной оценки) → фамилия.

Географически фамилия Малышко (и её редкий дубль Малышшко) тяготеет к западнорусским землям: Украина, Беларусь, юго-запад России. В дореволюционных переписях носители часто записаны как мещане или крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно фамилия низовых сословий, возникшая в бытовой среде.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Малышев, Малышонок, Малышкевич) показывает, что Малышко/Малышшко стоит особняком благодаря суффиксу -ко, который в XVI–XVII веках активно использовался на территории Речи Посполитой для образования фамилий от прозвищ. Если ваш предок носил именно двойное «ш», скорее всего, он был грамотным писарем или священником, который настаивал на точной передаче звучания — иначе удвоение бы стёрлось при стандартизации.