Основой фамилии Малышенко послужило мирское имя Малыш. Нецерковное имя Малыш восходит к прилагательному «малый». Наши предки не всегда утруждали себя поисками звучного красивого имени для новорожденного, и, случалось, просто давали ему имя Малой, Малыш. Согласно другой гипотезе, фамилия Малышенко образовалась от прозвища Малыш, которое получил невысокий человек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малыш, со временем получил фамилию Малышенко.