Фамилия Малышко восходит к прилагательному «малый». Наши предки не всегда утруждали себя поисками звучного красивого имени для новорожденного и, случалось, просто давали ему имя Малой, Малыш. В любом случае этимология фамилии Малышко восходит к прозвищу Малыш. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Малыш, со временем получил фамилию Малышко.