Фамилия Малышко — яркий пример того, как прозвище, данное по внешнему признаку или возрасту, закрепилось в качестве родового имени. В основе лежит прилагательное «малый», от которого образовалось простое и распространённое прозвище Малыш. Предки нередко обходились без поисков звучного имени для новорождённого, называя его Малым или Малышом — по возрасту, невысокому росту или младшему положению в семье. Так что потомок человека с прозвищем Малыш со временем и получил фамилию Малышко.

Обратим внимание на суффикс. Окончание -ко типично для украинской и белорусской ономастики, где оно часто указывает на происхождение от прозвища или имени, а также на молодость или уменьшительность. В данном случае Малышко — это не просто «сын Малыша» (как было бы с суффиксом -ов/-ев в великорусских землях), а скорее ласкательная или обиходная форма самого прозвища. Такая модель широко распространена на западе и юго-западе исторической Руси, поэтому географически фамилия Малышко тяготеет к Украине и Беларуси, хотя встречается и в других регионах.

В словарях украинских фамилий суффикс -ко считается одним из самых продуктивных, и Малышко стоит в ряду с такими же «ростовыми» фамилиями, как Велишко, Сухоручко, Білошко. Это не аристократическая фамилия, а народная, крестьянская или казацкая — её носители были простыми людьми, которых окружающие различали по заметным приметам.

Стоит отметить, что прозвище Малыш могло относиться не только к ребёнку. В древнерусских документах «малыми» называли младших дружинников, слуг или людей невысокого сословия. Поэтому фамилия Малышко может нести оттенок не столько физического размера, сколько социального статуса или положения в иерархии.