Фамилия Малышин — яркий пример того, как прозвище, данное человеку, закрепилось за его потомками. В основе лежит древнерусское слово «малыш», то есть маленький ребенок, младший сын или просто человек невысокого роста. Однако, в отличие от более распространенной фамилии Малышев, здесь мы видим не суффикс принадлежности -ев, а -ин. Эта деталь многое говорит о грамматике: суффикс -ин добавляется к основам, оканчивающимся на -а или -я. Таким образом, Малышин — это буквально «чей?» — сын Малыши. Форма «Малыша» могла быть как ласкательным вариантом прозвища Малыш, так и самостоятельным женским именем (в старину родители могли назвать дочку Малышой, желая ей долгой жизни, по суеверной традиции «от обратного»).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Если Малышевы встречаются повсеместно, то Малышины более характерны для Вологодской, Архангельской, Костромской областей, где суффикс -ин в отчествах и фамилиях был нормой. В этих краях прозвище Малыша могло относиться и к взрослому мужчине — например, к младшему брату в большой семье, которого так и звали «Малыша», или к невысокому, щуплому крестьянину.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде духовенства. В семинариях ученикам нередко давали фамилии по внешним признакам, и Малышин мог получить «говорящую» фамилию прямо за партой. Но более вероятна народная, крестьянская основа: в писцовых книгах XVI–XVII веков нередки записи вроде «Ивашко Малыша», откуда и пошла фамилия.

Сравните с однокоренными: Малых, Малюта, Малахов. Малышин стоит особняком — он не такой частый, как Малышев, но и не редкий. Его носители, скорее всего, потомки тех, кого в деревне выделяли как «маленьких» — не по возрасту, а по месту в семейной иерархии или по росту.