Фамилия Малыш относится к древнему пласту русских фамилий, образованных от нецерковных имён и прозвищ. В её основе лежит прилагательное «малый», от которого произошло слово «малыш». Строго говоря, перед нами не типичная модель с суффиксом -ов/-ев или -ин, а усечённая форма: фамилия совпадает с самим прозвищем и не получила дополнительного патронимического суффикса. Такие «нулевые» фамилии встречаются реже и часто указывают на более позднее или просторечное происхождение.

Прозвище Малыш, скорее всего, давали невысокому человеку — это самое прямое и естественное объяснение. Однако не стоит думать, что прозвище всегда было насмешливым: в крестьянской среде его могли дать младшему сыну или подростку, а со временем оно закреплялось за всей семьёй. В говорах слово «малыш» имело и ласкательный оттенок, так что фамилия могла возникнуть из домашнего, внутрисемейного обращения.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с именем Мал — древнерусским нецерковным именем, которое давали ребёнку как оберег от сглаза или как указание на его положение в семье (младший). В этом случае Малыш — уменьшительная форма от Мал, а фамилия сохранила эту уменьшительную основу без изменений.

Географически фамилия Малыш не привязана к одной местности: она встречается и на западе России, и на Украине, и в Белоруссии. Украинская огласовка «Малиш» тоже существует, но в русском языке закрепился именно вариант с твёрдым «ы». В польской ономастике есть аналогичная фамилия Małysz, что подтверждает общеславянский характер прозвища.

Известные носители фамилии, если не брать современных публичных людей, в исторических документах почти не прослеживаются — это говорит о том, что фамилия была распространена в основном среди крестьян и мещан, не оставивших заметного следа в дворянских родословных. Зато в переписных книгах XVII–XVIII веков прозвище Малыш встречается нередко: его носили крестьяне, посадские люди, казаки — люди невысокого роста или младшие в роду.

Таким образом, фамилия Малыш — прозрачный и короткий след древнего прозвища, которое говорило либо о внешности, либо о возрасте, либо о семейном положении предка. Никакой тайны в ней нет, но зато есть прямая и живая связь с русским языком и бытом.