Фамилия Малишко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках массово вытесняла более ранние формы на -енко. Суффикс -к(о) в украинской антропонимии выполнял сразу две функции: уменьшительно-ласкательную и «сыновью», то есть указывал на родство. В отличие от польских фамилий на -ко (которые часто были прозвищными), украинские варианты почти всегда отталкивались от личного имени или прозвища отца.

Основа Малиш- восходит к древнему славянскому корню *mal- — «малый». В украинском языке слово «малий» означает «маленький», «небольшой». Малишко — это, скорее всего, уменьшительная форма от имени или прозвища Мал, Малыш. В старину «Малом» или «Малышом» могли назвать младшего сына в семье, невысокого ростом человека или, иронично, взрослого мужчину за какой-нибудь «детский» поступок. Славянские имена с корнем «мал» были распространены повсеместно: вспомнить хотя бы легендарного Мала, древлянского князя, или многочисленные средневековые прозвища Малой, Малёк.

Географически фамилия Малишко плотнее всего закреплена в центральных и западных областях Украины — на Полтавщине, Черкащине, в Галиции. В России она встречается реже и часто имеет украинские корни: носители переселялись в ходе столыпинской аграрной реформы или в советское время. Интересно, что в польской ономастике существует схожая фамилия Maliszko, но там основа могла быть связана с глаголом malić — «мельчить», «крошить», что даёт совсем другую семантику.

По сословной принадлежности Малишко — типичная крестьянская или казацкая фамилия. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII века такие фамилии на -ко встречаются сплошь и рядом: они фиксировали принадлежность к определённому роду, но не указывали на знатность. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — форма на -ко в Российской империи ассоциировалась с простонародьем, и при переходе в высшие сословия её часто меняли на более «великорусскую» Малишев или Малинов.

Единственная тонкость, которая может сбить с толку: в некоторых говорах «малишко» могло быть прозвищем мальчика-подпаска или ученика ремесленника (от «малый» — помощник). Но это уже частный случай, а не основная версия.