Фамилия Малишка — редкий пример, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Основа «Мал-» очевидно отсылает к значению «маленький», но вот суффикс «-ишк-» сразу выдает носителя: в русских фамилиях этот суффикс почти всегда украинский или белорусский. В великорусских землях фамилии на «-ишко» (вроде Малышко) встречаются, но «-ишка» — это характерная юго-западная модель, где уменьшительно-уничижительный суффикс застыл в фамилии без переоформления в «-ов» или «-ин».

Самое вероятное: Малишка — это не прозвище по профессии, а внутрисемейное или соседское именование младшего, низкорослого или самого молодого члена семьи. В украинской и белорусской традиции такое прозвище могло закрепиться за человеком, которого в детстве звали «малий» или «мальчик», а потом форма «Малишка» стала фамилией для его потомков. Параллель — фамилия Малышко, известная в тех же краях, но с другим суффиксом.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не фантастическая: основа могла быть не «мал-», а «мали-» — от слова «малина». В таком случае Малишка — это человек, живший у малинника или торговавший ягодой. Но против этого говорит отсутствие типичного для таких фамилий суффикса «-ник» (Малинник) или «-ов» (Малинов). Суффикс «-ишк-» для ягодных прозвищ нехарактерен, так что версия с «маленьким» убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к западным областям России, Беларуси и Украины. В документах XIX века её носители — в основном крестьяне и мещане из Могилёвской, Витебской и Черниговской губерний. Среди дворянства фамилия не встречается, что логично: уменьшительная форма с «-ишка» в официальных реестрах считалась простонародной.

Для сравнения: однокоренные Малыхин, Малов, Малютин образованы по другой модели — либо через притяжательный суффикс, либо от полного прозвища «Малой». Малишка стоит особняком: она сохранила ту самую разговорную форму, которую в других регионах «облагородили» фамильным окончанием.