Фамилия Малышка — яркий пример того, как прозвище, данное одному человеку, закрепилось за целым родом. В основе фамилии лежит прилагательное «маленький» в его разговорной, ласкательной форме. Прозвище Малышка могли дать невысокому человеку, младшему ребёнку в семье или даже взрослому, которого за характер или внешность считали «маленьким» — незлобивым, безобидным. В русских говорах «малышкой» называли не только ребёнка, но и невысокий стог сена, а также вид рыбы — ерша. Возможно, прозвище носило ироничный оттенок: так могли окрестить высокого мужчину в насмешку.

Сама фамилия образована без типичных родовых суффиксов вроде -ов или -ин. Это так называемая «окаменевшая» форма прозвища в именительном падеже. Такие фамилии (Малышка, Сорока, Шуба) нередко встречались на Украине и в южнорусских землях, где патронимическая модель закреплялась не через суффикс, а прямым переносом прозвища. Поэтому корни семьи Малышка с высокой вероятностью лежат в малороссийских или белорусских губерниях. Встречается и вариант написания через «о» — Маложка, но он редок и связан с акающим произношением.

Суффикс -к- в прозвище придаёт ему уменьшительно-ласкательный оттенок, но в фамилии он утратил эту функцию. В сословном смысле фамилия Малышка не указывает на дворянство или духовенство — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в среде, где прозвища были простыми и описательными. Сравните с однокоренными фамилиями: Малов, Малыхин, Малютин, Малеев — все они ведут родословную от того же корня «мал», но Малышка стоит особняком благодаря своей разговорной, почти бытовой форме.

Если искать фамилию в исторических документах, стоит обратить внимание на переписи населения юга Российской империи, Речи Посполитой и казацкие реестры. В XIX веке носители фамилии Малышка фиксировались в Харьковской, Полтавской и Киевской губерниях. Сегодня фамилия встречается и в России, и на Украине, но сохраняет южнорусский колорит.