Фамилия Малышкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Малышкин послужило мирское имя Малышка. Фамилия Малышкин, скорее всего, образована от распространённого в старину мирского имени с основой «мал-» - «маленький». В семьях маленького ребенка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом, Малышкой. И даже когда ребёнок становился взрослым, он по-прежнему носил детское имя Малышка, которое впоследствии закрепилось в фамилии. Согласно другой гипотезе, фамилия Малышкин восходит к прозвищу Малышка, которое указывало на особенности внешности человека, а именно маленький рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малышка, со временем получил фамилию Малышкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Малышкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Малышкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.