Фамилия Малышкин — это одно из тех семейных имен, которое сразу рассказывает о предке: его выделили по росту или по детскому имени. Словообразовательная модель проста: к основе «Малышк-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ин». Такой суффикс указывает на прямое родство: Малышкин буквально означает «чей?» — сын Малышки.

В старину имя Малышка было мирским, то есть нецерковным. Его давали ребёнку в семье как ласковое прозвище, и оно могло закрепиться за человеком на всю жизнь, независимо от того, каким он вырос. В семьях маленького ребенка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом или Малышкой — это был способ выразить нежность. Позже, когда на Руси начали массово закрепляться фамилии (в основном после отмены крепостного права в 1861 году), имя Малышка превратилось в фамилию Малышкин.

Есть и вторая версия, более прозаичная: прозвище Малышка могли дать взрослому человеку за маленький рост. Такие прозвища по внешним признакам были очень распространены — достаточно вспомнить фамилии Губанов, Носов или Рыжов. В этом случае фамилия Малышкин — не память о детстве, а характеристика внешности.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным и шёл неравномерно в разных регионах. Но то, что основа — «Малышка» — относится к древнему пласту славянских имён, сомнений не вызывает. Фамилия Малышкин — не редкая, но и не сверхпопулярная, чаще встречается в центральных областях России. Её однокоренные «родственники» — Мальцев, Малютин, Малышев — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что показывает, насколько вариативно подходили к именованию в русских деревнях.