Фамилия Малышков — классический пример того, как прозвище, данное человеку по росту или возрасту, превратилось в устойчивое родовое имя. В основе лежит слово «малыш» — так в русских говорах называли маленького ребенка, младшего в семье или просто невысокого взрослого. Суффикс -к- в исходном прозвище («Малышок») придавал уменьшительно-ласкательный оттенок, а затем фамильный суффикс -ов закрепил форму, отвечающую на вопрос «чей?»: Малышков — сын Малышка.

Интересно, что фамилия не так проста, как кажется на первый взгляд. В северных и сибирских говорах «малыш» могло означать не только ребенка, но и молодого парня-подростка, а в некоторых областях — даже неженатого мужчину. Поэтому предок-родоначальник мог получить такое прозвище не обязательно из-за крошечного роста, а, скажем, из-за того, что долго оставался холостым или был самым младшим среди братьев, когда старшие уже обзавелись семьями.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным регионам России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим именованием в Новгородской, Псковской и Тверской губерниях. В отличие от более распространенной формы «Малышев», вариант с суффиксом -к- и последующим -ов встречается реже и звучит архаичнее — он сохранил ту самую уменьшительную форму прозвища, которая в быту уже почти исчезла.

С точки зрения словообразовательной модели, Малышков стоит в одном ряду с фамилиями типа Козлов, Петров, но с той разницей, что основа здесь не имя и не животное, а чисто описательная характеристика. Это говорит о том, что прозвище было дано по внешнему или возрастному признаку, а не по профессии или месту жительства. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии отнесены к группе прозвищных, образованных от прилагательных и существительных с уменьшительными суффиксами.

Встречается также вариант с ударением на второй слог — Малышкóв, но в большинстве современных носителей ударение падает на первый слог: Мáлышков. Оба варианта имеют право на существование, хотя литературная норма тяготеет к ударению на корне.