Фамилия Малышкова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах раньше или наравне с мужской. В основе лежит прозвище Малышок. Суффикс -ок в русских прозвищах часто указывал на молодость, невысокий рост или младшего в семье: Малышок — это «маленький человек», подросток, паренёк невеликого роста. В некоторых говорах «малышок» означало и младшего сына, последнего ребёнка у родителей.

Фамилия образована по продуктивной модели: к основе Малышк- (Малышок в родительном падеже даёт Малышка) добавился суффикс -ов, типичный для русских фамилий. Получилось Малышков, а женская форма — Малышкова. Ударение чаще падает на второй слог: Малышко́ва, хотя в отдельных семьях могло закрепиться и на первый.

Географически фамилия разбросана по центральной России и Поволжью, встречается на Урале. Концентрация невысокая — это не массовая фамилия, а скорее локальная, что говорит о происхождении от одного или нескольких родов, не успевших широко разойтись. В дореволюционных переписях Малышковы фиксировались в крестьянской и мещанской среде — никаких дворянских корней у фамилии нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает разницу в суффиксах: Малышов — от прозвища Малыш, Малышев — от Малыш с другим патронимическим суффиксом, а Малышков — именно от уменьшительной формы Малышок. Это даёт понять, что предок носителя фамилии был не просто малорослым, а «малышком» — возможно, с оттенком ласкового или снисходительного прозвища, которое со временем стало фамильным.