Основой фамилии Малышкина послужило мирское имя Малышка. В семьях маленького ребенка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом, Малышкой. И даже когда ребёнок становился взрослым, он по-прежнему носил детское имя Малышка, которое впоследствии закрепилось в фамилии. Согласно другой гипотезе, фамилия Малышкина восходит к прозвищу Малышка, которое указывало на особенности внешности человека, а именно маленький рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малышка, со временем получил фамилию Малышкина.