Фамилия Малишева — это женская форма, а её мужской вариант — Малишев. В русской традиции такие фамилии образуются от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ев, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Малиша). Основа здесь — Малиш, и именно в ней кроется главная загадка.

Самая прямая версия — прозвище Малыш, данное невысокому человеку или младшему в семье. В диалектах и старых говорах «малыш» звучало и как «малиш» — с заменой ы на и под влиянием акающих говоров или местного произношения. Так что Малишев — это по сути «малышов», то есть сын или потомок Малыша. Подобные фонетические переходы не редкость: от прозвища Малой пошли фамилии Малов и Малёв, а здесь мы видим вариант с «и» вместо «ы».

Есть и вторая, менее вероятная версия — от уменьшительной формы имени Амалий или Емельян (в народном варианте — Малий, Малиша). Но она уступает прозвищной, потому что прозвище Малыш встречалось повсеместно, а имена в такой форме — редкость. Третья гипотеза — связь с польским словом malisz (маленький человек) или malować (рисовать), но для исконно русской фамилии это натяжка.

Географически фамилия Малишев встречается в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, где акающее произношение было нормой. Это косвенно подтверждает версию о прозвище Малыш: в тех краях «малыш» и звучало как «малиш».

С точки зрения словообразования, фамилия Малишева стоит в ряду таких же прозвищных фамилий, как Малышев, Малёв, Малютин. Разница лишь в том, что Малишев — это вариант с диалектным или просторечным чередованием гласных. Так что, скорее всего, предок носительницы этой фамилии был просто невысоким человеком, и это прозвище закрепилось за его родом.