Фамилия Малишенко — типичный пример украинской фамилии с патронимическим суффиксом -енко. Эта модель, означающая «сын» или «потомок», была особенно распространена в Левобережной Украине и на Слобожанщине в XVI–XVIII веках. В основе фамилии лежит имя Малиш — не каноническое церковное, а народное, прозвищное. Слово «малыш» в древнерусском и украинском языках означало не только маленького ребёнка, но и человека невысокого роста, младшего в семье или просто того, кого ласково так называли. Соответственно, Малишенко — это буквально «сын Малиша».

Интересно, что в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в форме притяжательного прилагательного («чей?» — Малишев), украинские фамилии на -енко подчёркивали именно родство: «Малишенко» — это не «принадлежащий Малишу», а «происходящий от него». Такая модель образования говорит о том, что фамилия могла закрепиться в казацкой среде, где патронимическая система была особенно живучей. Первые письменные фиксации подобных фамилий на -енко встречаются в реестрах Войска Запорожского уже в XVII веке.

Не исключена и вторая, менее вероятная версия, которую рассматривают ономасты: основа «малиш» может быть вариантом от «малий» (малый), но с чередованием звуков. В любом случае, корень связан с уменьшительностью или молодостью. Искать в фамилии связь с ягодой малиной не стоит — это народная этимология, не подтверждённая исторической фонетикой: в слове «малина» ударный корень «мал-», а в фамилии — «малиш-», что указывает на другое происхождение.

Географически фамилия Малишенко тяготеет к Полтавской, Черниговской и Сумской областям, а также к прилегающим районам России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии чаще всего записаны как казаки или государственные крестьяне. Дворянских родов Малишенко не зафиксировано — это фамилия людей служилых и земледельческих, без громкой генеалогии, но с устойчивой и прозрачной этимологией.