Фамилия Малишен — довольно редкая, и главная загадка в ней — корень. Первое, что приходит на ум: связь с малиной. Но если бы фамилия происходила напрямую от названия ягоды, она скорее звучала бы как Малинин (от прозвища Малина) или Малиновский (от топонима). Суффикс -ен в фамилии Малишен указывает на иную модель образования.

Скорее всего, в основе лежит не ягода, а личное имя или прозвище Малиш. Это уменьшительная форма от канонического имени Мал (редкое, но известное в древнерусской традиции) или от прозвища Малой — «невысокий ростом», «младший в семье». Чередование «л» и «ль» в корне (Мал → Маль → Малиш) — явление обычное для живой речи. Таким образом, Малишен — это «сын Малиша», то есть потомок человека, которого в быту называли уменьшительно-ласкательно от прозвища, указывающего на малорослость или младшинство.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть от украинского или белорусского слова «малиш» (малыш, ребенок). В таком случае фамилия Малишен — это «чей?» — принадлежащий Малышу, сын Малыша. Суффикс -ен здесь типичен для украинской и южнорусской ономастики (сравните: Гриценко, Петренко — там же основа на -ен, но в русской адаптации без конечного -ко). Географически фамилия Малишен чаще всего встречается в областях, граничащих с Украиной (Белгородская, Воронежская, Ростовская области), что подтверждает южнорусское или украинское происхождение.

Интересная деталь: фамилия Малишен могла писаться и через «ы» — Малышен. Вариант с «и» (Малишен) — результат аканья (произношения «ы» как «и» в безударном положении) или просто особенность конкретной записи в метрических книгах. Оба написания восходят к одной основе. Таким образом, предок носителя этой фамилии был либо невысоким человеком, либо младшим сыном, которого в кругу семьи называли Малиш (Малыш).