Фамилия Малышен образована от имени Малыш — так в старину могли назвать младшего ребёнка, последыша, либо просто маленького ростом человека. Суффикс -ен указывает на принадлежность: Малышен буквально значило «сын Малыша». Это типичная русская патронимическая модель, но с интересной особенностью: в ней сохранилась старая форма родительного падежа на -а (Малыш → Малыша), к которой добавили притяжательный суффикс -ен. В современном русском языке такой способ словообразования встречается редко, чаще фамилии строятся через -ов/-ев или -ин.

Географически фамилия Малышен распространена в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине. Встречаются варианты написания Малышин (с суффиксом -ин) — они могли возникнуть в разных говорах независимо друг от друга. В некоторых областях фамилию могли записать как Малышенко, если носитель жил на украинских землях.

Ономасты отмечают, что прозвище Малыш было широко распространено в допетровской Руси. В словаре древнерусских личных имён С. Б. Веселовского упоминаются люди с прозвищем Малыш среди крестьян и посадских людей XVI–XVII веков. Фамилия Малышен, таким образом, не относится к дворянским — её носили простые люди, и она не связана с каким-либо ремеслом или сословием.

Сравните с однокоренными фамилиями: Малышев (самая частая форма), Малышкин, Малышков. Малышен стоит особняком — суффикс -ен встречается в основном в фамилиях от имён с основой на шипящий или мягкий согласный: Гришен (от Гриша), Сашен (от Саша). Поэтому фамилия Малышен — редкий пример сохранения архаичной модели, которая почти исчезла из массового бытования.