Фамилия Малышенкова образована от мирского имени Малыш. В древнерусской традиции имя Малыш давали ребёнку как оберег, желая, чтобы он оставался маленьким и здоровым, или же просто по внешнему признаку — «малый ростом». Корень здесь — прилагательное «малый». Родители не всегда подбирали звучное имя для новорождённого, и в ход шли простые прозвища вроде Малой или Малыш. По другой версии, фамилия пошла от прозвища Малыш, которое закрепилось за невысоким человеком. Так или иначе, потомок человека по имени или прозвищу Малыш со временем стал Малышенковым.

Обратите внимание на редкий суффикс -енков. В русских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев или -ин, а -енков характерен для южнорусских и украинских земель, особенно для бывшей Слобожанщины (территории современных Белгородской, Курской, Воронежской областей и востока Украины). Этот суффикс указывает на принадлежность: «Малышенков» буквально значит «сын Малыша». В северных и центральных регионах России такую фамилию, скорее всего, переделали бы в Малышев или Малышкин, но форма на -енков сохранила региональный колорит.

В документах фамилия могла писаться по-разному — Малышенков, Малышенко, Малышонков — в зависимости от того, как записывал писарь на слух. Женская форма Малышенкова закрепилась в паспортной системе как вариант для женщин, но исторически все носители фамилии восходят к одному корню. Если ваш предок носил фамилию Малышенков, он, вероятно, происходил из крестьян или однодворцев южных губерний, где прозвища легко переходили в фамилии через суффикс -енков.