Фамилия Матиишен — редкий пример фамилии, образованной от канонического имени Матфей (в бытовой русской форме Матий) с помощью суффикса -ишен. Этот суффикс — не стандартный для русской фамильной модели, а типичный для украинской и белорусской ономастики, где встречаются формы на -ишен, -енко, -ук. В русском языке фамилии чаще оканчиваются на -ов, -ев, -ин. Таким образом, Матиишен — это «сын Матия» или «потомок человека по имени Матий».

Имя Матий — народная форма от Матфей, которое в свою очередь восходит к древнееврейскому Маттитьяху — «дар Яхве» (Божий дар). В православных святцах имя Матфей носит один из двенадцати апостолов, бывший мытарь. В украинской традиции форма Матий была широко распространена, а фамилии на -ишен фиксируются в основном на западе Украины, в частности на Волыни, в Галиции, а также среди переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток.

Вероятно, предок носителя фамилии был человеком, которого в округе знали просто как Матия (или Матвея), а его детей и внуков называли «Матиевыми» с местным суффиксальным оформлением. Со временем это прозвище закрепилось как фамилия. Вариантов написания могло быть несколько: Матишен, Матиешен, но форма с двумя «и» — Матиишен — подчёркивает именно украинское происхождение, где гласная «и» в суффиксе сохраняется.

О сословной принадлежности носителей фамилии сказать сложно: такие фамилии встречались и среди крестьян, и среди казаков, и среди мещан. В метрических книгах XIX века фамилия Матиишен встречается в Подольской и Волынской губерниях, а также в списках переселенцев в Приамурье. Сегодня её можно встретить как в Украине, так и в России, особенно в регионах, куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне.