Фамилия Матиишина образована от просторечной формы канонического имени Матвей — Матииша. Само имя восходит к древнееврейскому Маттитьяху, что означает «дар Бога» или «дарованный Богом», и пришло на Русь вместе с христианством. В основе фамилии, таким образом, лежит не прозвище и не род занятий, а личное имя, которое в крестьянской и мещанской среде часто искажалось и сокращалось до непривычных для церковного уха форм. Матииша — как раз такой случай: имя переделали на русский лад, добавив уменьшительно-ласкательный суффикс -иш-, который в данном контексте не несет пренебрежительного оттенка, а скорее указывает на обиходное, «домашнее» произношение.

Церковная форма имени — Матфей. Одним из самых почитаемых покровителей считается Матфей Левий, один из двенадцати апостолов и автор первого Евангелия. Примечательно, что до встречи с Христом он был мытарем, то есть сборщиком податей, — профессия в те времена презираемая, но именно его пример стал символом покаяния и перемены жизни. На Руси особо чтили и другого святого — преподобного Матфея, архимандрита, Новоторжского чудотворца X века, который считается одним из первых подвижников-иноков на русской земле. Его мощи покоятся в Борисоглебском монастыре в Торжке, и память о нем могла дополнительно закрепить имя в обиходе.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Матиишин — это «сын Матииши», потомок человека, носившего это имя. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Скорее всего, основатель рода Матиишиных был человеком простого звания — крестьянином или посадским, поскольку именно в этих слоях населения бытовали нецерковные, упрощенные формы имен. В дворянской среде чаще использовали полные календарные варианты.

Фамилия Матиишина — редкая и территориально привязанная. Ее можно встретить преимущественно в южнорусских и украинских говорах, где форма Матииша более естественна, чем в северных регионах. Однокоренные аналоги — Матюшин, Матвеев, Матишин — распространены шире, но именно вариант с -ии- сохранил следы живого народного произношения. Это не канцелярское переписывание имени, а застывшая в фамилии разговорная речь предков.