Фамилия Матишина образована от мужского крестильного имени Матвей, которое в переводе с древнееврейского означает «дарованный Богом». В основу фамилии легла не полная форма имени, а его производная, уменьшительная — Матиша. Такая модель типична для русских фамилий: от разговорных, «домашних» вариантов имен нередко возникали целые родовые прозвания, которые затем закреплялись за потомками.

Сам Матвей — имя с богатой историей. Его покровителем считают апостола и евангелиста Матфея Левия, который до встречи с Христом был мытарем, то есть сборщиком налогов. Он оставил свое дело, вняв слову Господа, и этот библейский сюжет веками был широко известен на Руси, что только укрепляло популярность имени в народной среде.

Скорее всего, основатель рода Матишиных был человеком из простого сословия. На это указывает сам тип фамилии: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я и в основном встречался у крестьян, ремесленников и посадских людей, тогда как дворянские фамилии чаще оформлялись через -ов/-ев. К тому же использование уменьшительной формы имени вместо полной говорит о бытовой, неофициальной среде, где человека звали по-домашнему — Матиша.

Итоговая фамилия Матишин (а у женщин — Матишина) означает буквально «сын Матиши», то есть потомок человека, носившего это ласкательное имя. Со временем форма закрепилась и перестала восприниматься как прозвище, став полноценным родовым именем. Встречаются и однокоренные варианты — Матюшин, Матвеев, Матисов, — но именно Матишин сохранил наиболее архаичный, «домашний» облик исходного имени.