Скорее всего, фамилия Манишко образована от тюркского мужского имени Маниш, которое является вариантом имени Манас. В переводе на русский язык оно означает «бесстрашный богатырь». Менее вероятно, что фамилия Манишко образована от имени Маня. В переводе с древнееврейского оно означает «любимая, желанная», «госпожа». В то же время, существует довольно большое количество польских и белорусских фамилий, начинающихся на Ман-: Манич, Маневич, Маневский, Манкевич. Это имя в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог».