Фамилия Манишин — одна из тех, что образовались от производной формы крестильного имени. Разбираем её по косточкам.

Корень здесь — имя Маниша, которое в свою очередь является уменьшительно-ласкательной формой от канонического мужского имени Мануил. Мануил — это русская версия древнееврейского имени Иммануил, что означает «с нами Бог». Так что в основе фамилии лежит имя с мощным религиозным подтекстом, популярное на Руси после принятия христианства.

Фамилия построена по самой распространённой в русском языке модели: к основе на -а (Маниша) добавляется притяжательный суффикс -ин. Получается «Манишин» — буквально «чей?» — «сын Маниши» или «потомок Маниши». Такая схема типична для фамилий, произошедших от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Гаврила — Гаврилин, Илья — Ильин).

В быту имя Мануил часто сокращали и переделывали: отсюда пошли и Маниша, и Маня, и Манюша. Интересно, что в некоторых говорах «маниша» могло быть не только именем, но и прозвищем — например, так могли называть медлительного, «манящего» человека (от глагола «манить»). Но эта версия менее вероятна: церковное имя Мануил было широко распространено, и фамилии от его производных встречаются повсеместно.

Сказать точно, где и когда впервые появились Манишины, сейчас сложно — фамилии в крестьянской среде закреплялись вплоть до XIX века. Однако по форме фамилия однозначно русская, и её носители — потомки человека, которого в быту звали Манишей.