Фамилия Манышины — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а живая черта характера или местность. Скорее всего, её образовали от прозвища Маныш. В тюркских языках, откуда слово пришло в русские говоры, «маныш» значит «быстрый, торопливый». Так могли назвать человека подвижного, нетерпеливого или того, кто вечно спешил.

Но есть и вторая, не менее реальная версия. Маныш — это и название населённого пункта. Деревня Маныш существует в Пермском крае, а село Маныш — в Туркмении. В таком случае родоначальник получил фамилию по месту, откуда был родом: «Манышин» — тот, кто из Маныша.

Сама модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Пушкин, Кузьмин или Гагарин. Манышин — буквально «сын Маныша» или «человек из рода Маныша».

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в эпоху, когда после распада Золотой Орды многие тюркские выходцы — печенеги, половцы, татары — переходили на службу к русским князьям и оседали на новых землях. Их прозвища и имена постепенно превращались в фамилии, которые носили уже их потомки, часто забывшие о восточном происхождении предков. Поэтому утверждение, что Манышины — «древнейшая восточная фамилия», не лишено оснований, хотя точных родословных записей, подтверждающих конкретного родоначальника, не сохранилось.

Встречается фамилия в разных регионах, но чаще — на стыке бывших тюркских и русских земель: в Поволжье, Приуралье и Сибири. Манышины — не дворянский род, а скорее крестьянская или мещанская фамилия, что типично для прозвищ, закрепившихся в среде служилых людей и вольных переселенцев.