Фамилия Манышев происходит от прозвища Маныш. В основе лежит тюркское слово «маныш», которое означает «быстрый» или «торопливый». Скорее всего, так прозвали человека с живым, подвижным характером, который всё делал быстро и не любил медлить.

Однако это не единственная версия. Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Маныш добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Манышев, то есть сын или потомок Маныша). Но корень здесь не славянский, а тюркский, что неудивительно для южнорусских и поволжских регионов, где веками соседствовали разные народы.

Существует и географическая версия. Родоначальник Манышевых мог получить фамилию не по характеру, а по месту жительства. Например, деревня Маныш есть в Пермском крае, а село Маныш — в Туркмении. В таком случае прозвище Маныш закрепилось за человеком, который пришёл оттуда или владел там землёй. Обе гипотезы правдоподобны, но первая — прозвищная — встречается чаще, так как тюркские именования по чертам характера были распространены в русской ономастике.

Фамилия Манышев — редкая, не относится к массовым. Её носители встречаются в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает и пермский топоним. Сословного барьера у фамилии не было: Манышевыми могли быть и крестьяне, и служилые люди, и купцы. Точных данных о первых носителях нет, но по модели образования фамилия сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, когда активно шёл процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён.