Фамилия Манышин образована от прозвища Маныш, в основе которого лежит тюркское слово «маныш» - «быстрый, торопливый». Однако нельзя исключить, что родоначальник Манышиных жил в населенном пункте с таким названием (например, деревня Маныш есть в Пермском крае, село Маныш — в Туркмении).