Имя Маниша — это производная, уменьшительная форма от канонического имени Мануил, которое восходит к древнееврейскому Иммануил. В буквальном переводе оно означает «с нами Бог». Фамилия Манишин образована по классической русской модели с помощью патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Маниши. Таким образом, предок носителя этой фамилии был человеком по имени Маниша.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа (Маниш-) плюс суффикс притяжательного прилагательного. Такая схема типична для фамилий, возникших в среде простых сословий — крестьян и мещан, где в быту широко использовали не полные, а обиходные и церковные уменьшительные имена. В официальных документах XVII–XVIII веков форма Маниша фиксируется как одна из народных вариаций имени Мануил.

Интересно, что фамилия Манишин встречается нечасто. Её редкость объясняется тем, что и Мануил, и его производные были менее распространены в русской именной традиции, чем, скажем, Иван или Михаил. Сравните с однокоренными фамилиями той же модели: Манилов (от Манила) или Мануйлов — они показывают, как один корень давал разные ответвления в зависимости от местных говоров и привычек имянаречения.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным регионам. В переписных книгах и ревизских сказках XIX века Манишины чаще всего встречаются в Курской, Тамбовской и Воронежской губерниях. Это косвенно указывает на то, что предки были либо крестьянами, либо однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи Московского государства.